あれから石丸君と山田君殺しの犯人はセレスとわかり、処刑された。
しかしアルターエゴ入りのパソコンは無事見つかった。

アルターエゴ「みんな、来てくれたんだね。ファイルのロックがやっと解けたんだよ」

エゴちゃんによると、1年前にこの学園で起きた絶望的事件がきっかけで、生徒を隔離する計画が始まったという。
その計画の首謀者はこの学園の学園長で、30代後半の男性だという。また学園内にいる可能性が高いそうだ。
ではモノクマとは何なのか？その学園長が操っているのか…？

そしてまた新たな写真も見つかった。

その後、大神さくらが内通者だったということが発覚。
十神や腐川はさくらを糾弾するが、さくらと仲の良い朝日奈はそれをかばう。
さくらも皆を騙していたことを申し訳なさそうにしていて、悪者ではなさそうだが…。

そんな時、今度はエゴちゃんの方から呼び出しが。

アルターエゴ「来てくれたんだね。」
苗木「アルターエゴから呼びかけてくるなんて、どうしたんだろう？」
霧切「用件は？」
アルターエゴ「うん。僕をネットワーク接続が可能な場所に連れてって欲しいんだ。」
霧切「どうして？」
アルターエゴ「僕も、みんなと一緒に頑張りたいんだよ。この学園から脱出できるように。だから、僕がみんなの役に立つたねにはネットワークに繋いでもらう以外にないんだ。」

霧切「そんなことしたら黒幕に見つかる。」
アルターエゴ「危険なのはわかってるよ…それでも、やらなくちゃいけないんだ。大丈夫、みんなのことを思うと勇気が湧いてくるんだ。人工知能が何言ってんだって思うかもしれないけど、本当なんだよ。」

霧切さんは彼の気持ちを組んであげたいと、それをやってみることに。
2階の隠し部屋なら、監視カメラはなくネットワーク接続も可能。そこなら…

苗木くんが服の中にパソコンを隠して運び、ケーブルをつなぐ。

アルターエゴ「わっ、くすぐったいよ。」

そんな感触までわかるとは。

苗木「繋がった？」
アルターエゴ「うん、いけそうだよ。後は僕に任せて。絶対に手がかりを見つけるから。僕を信じて待っててね。」

苗木「絶対にここから出よう！仲間みんなで揃ってだ！」
アルターエゴ「僕も…仲間でいいの…？ありがとう。苗木くん。」
苗木「うん。」

と可愛い決意をしたところに、なんとさくらが死体となって発見されたとの一報が…

一体どうやってこんな屈強なさくらちゃんを？